Axes de Travail

Coordination et gestion du projet

Ce workpackage assure la gestion globale du projet sur 60 mois, piloté par le responsable scientifque avec l’aide d’une Cheffe de projet et d’une responsable de gestion administrative. Il inclut la coordination scientifique et technique entre les partenaires (HCL, UCBL, bioMérieux, Teknimed, Vivexia), ainsi que le suivi administratif, financier et juridique (rapports à l’ANR, respect des échéances, gestion des droits de propriété intellectuelle). Une communication proactive a été mise en place via des réunions régulières, un site web dédié et des livrables comme le Consortium Agreement ou les rapports annuels. L’objectif est d’assurer une collaboration fluide et un suivi rigoureux des objectifs, jalons et résultats.

Constitution d’une collection de phages anti-Pseudomonas aeruginosa

Ce WP vise à isoler et caractériser des phages ciblant P. aeruginosa, une bactérie multirésistante prioritaire dans le domaine médical. Les phages sont prélevés dans des eaux usées et échantillons cliniques, puis testés sur des souches représentatives pour évaluer leur efficacité et leur spectre d’action. Leur génome est séquencé pour écarter les phages tempérés (risque de transfert de gènes de virulence/resistance, modification de fitness, etc.) et sélectionner les candidats les plus prometteurs, c’est à dire les phages à haut potentiel theérapeutique. Une banque de phages (50 souches) sera constituée, avec une traçabilité complète pour un usage humain futur. Des protocoles de "phage-training" (adaptation des phages) sont aussi développés pour élargir le spectre des phages et limiter l’émergence de résistances bactériennes.

Optimisation de la production de phages anti-P. aeruginosa et anti-S. epidermidis

L’objectif est d’optimiser la production des phages sélectionnés au cours du WP1 pour P. aeruginosa et du projet ANR PHAG-ONE pour E. coli, S. epidermidis pour atteindre des rendements élevés (>109 PFU/mL). Cela implique aussi la sélection de souches bactériennes de production sans prophage ni facteurs de virulence et d’ajuster les conditions de culture (milieu, température, ratio phage/bacterie. Des souches génétiquement modifiées (CRISPR-Cas9) pourraient être utilisées pour éliminer les prophages ou certains facteurs de virulence. Les processus devront être traçables et conformes aux ”Bonnes Pratiques de Fabrication” (BPF) et aux exigences des autorités sanitaires (ANSM).

Purification, formulation, contrôle et libération des lots de phages

Ce WP développe un procédé de purification et concentration des phages (anti- P. aeruginosa, anti-E. coli, et anti-S. epidermidis) conforme aux BPF. Plusieurs formulations seront adaptées selon l’usage final des phages produits: test diagnostique (PST 2.0), imprégnation de substituts osseux ou chargement de réservoir de spacers osseux. Le développement de l’ensemble des contrôles de qualité (QC) requis pour les lots produits pour les nouveaux phages sélectionnés. Ces lots seront libérés pour les essais précliniques et cliniques, avec une traçabilité complète de bout en bout de la production pour un usage humain.

Développement de dispositifs médicaux innovants (substituts osseux et espaceurs intelligents)

Teknimed et les partenaires académiques vont concevoir des dispositifs orthopédiques (substituts osseux, espaceurs articulaires) capables de libérer localement et durablement des phages thérapeutiques. Les substituts osseux seront imprégnés extemporanément de phages avant implantation, tandis que les espaceurs intelligents intègreront des réservoirs chargeables en phages pour une diffusion contrôlée. Les propriétés mécaniques et chimiques des dispositifs mais aussi des hydrogels utilisés seront optimisées, et leur certification pour usage humain sera demandée. Des modèles PK/PD (pharmacocinétique/dynamique) seront développés pour prédire l’efficacité des phages in vivo.

Essais précliniques de tolérance et toxicité (non financé par le RHU)

Ce WP vise à évaluer l’inocuité des phages purifiés soit chez l’animal (souris, lapins) selon les normes ICH (International Council for Harmonisation) visant à confirmer in vivo l’absence de toxicité locale et systémique ou sur des lodèles in vitro.ex vivo en fonction des discussions avec les autorités de santé et de l’évolution de la réglementation (ANSM et/ou EMA) dans les mois à venir. Les résultats permettront d’obtenir les autorisations réglementaires (ANSM, EMA) pour les essais cliniques.

Modèles animaux pour évaluer l’efficacité des phages anti-S. aureus (substituts osseux et espaceurs)

Vivexia est en charge du développement deux modèles précliniques originaux :

• -Un modèle murin de cage sous-cutanée infectée par S. aureus (souche sensible ou résistante) pour tester l’efficacité des substituts osseux chargés en phages.
• - Un modèle lapin d’infection prothétique articulaire (PJI) simulant une chirurgie de révision en un temps, avec évaluation de l’efficacité des substituts osseux imprégnés de phages, seuls ou combinés à des antibiotiques.

Les paramètres PK/PD (libération des phages, charge bactérienne) sont mesurés, et des analyses histopathologiques complètent l’évaluation.

Développement et validation du test innovant de sensibilité aux phages (PST 2.0)

bioMérieux en lien avce les HCL cherchera à adapter sa technologie REVEAL™ pour créer un test automatisé et rapide (Phagogram 2.0) de sensibilité aux phages, compatible avec les laboratoires de routine. Des panels standardisés de phages (anti-PA, SA, SE, EC) sont préparés, avec des formulations stabilisées (lyophilisation, etc.). Le test est validé sur un large panel de souches cliniques (200/souche) et comparé à la méthode de référence (double couche agar). Son efficacité pour prédire les synergies phages-antibiotiques est aussi évaluée.

Essais cliniques (BOSAP et SMART SPACER)

Deux essais cliniques de phase I/II seront coorodnnés par l’AP-HP afin d’évaluer la sécurité et l’efficacité des dispositifs chargés en phages :

• - BOSAP : Évaluation des substituts osseux imprégnés de phages chez des patients souffrant d’infections osseuses ou articulaires (chirurgie DAIR ou arthroscopie).
• - SMART SPACER : Test des espaceurs intelligents chargés en phages (en combinaison avec la gentamicine) lors de chirurgies en deux temps (ablation de prothèse infectée + pose d’un espaceur).

Les patients seront suivis pour mesurer le taux de contrôle de l’infection et la tolérance. Les données pharmacocinétiques (concentration de phages dans le sang et les articulations) seront aussi collectées.